Od wielu lat aranżację nawy bocznej wyznaczały liczne tablice pamiątkowe, nawiązujące do osób i wydarzeń z historii kościoła, miasta Lublina i naszej Ojczyzny. Kościół pobrygidkowski od lat pełnił rolę ośrodka pielęgnującego narodowe tradycje, rocznice powstań narodowych, dążenia niepodległościowe, tragiczne wydarzenia z okresu II wojny światowej. W okresie powojennym był miejscem tętniącym wolnością od reżimu komunistycznego, kolebką lubelskiej Solidarności. Po dziś dzień wiele uroczystości państwowych, patriotycznych rozpoczyna się Mszą świętą w tym właśnie kościele. Długa jest historia Mszy świętych za Ojczyznę, sięga lat 70-tych i jej założyciela, ówczesnego rektora ks. Mieczysława Brzozowskiego. Jedna z tablic pamiątkowym poświęcona jest Jego osobie. Wśród innych tablic znajdziemy te dedykowane Marszałkowi Józefowi Piłsudskiemu, generałowi brygady Kazimierzowi Tumidajskiemu, generałowi brygady Mieczysławowi Smorawińskiemu, żołnierzom AK, zamordowanym podczas II wojny światowej: w ogniu walk i w obozach kaźni na wschodzie: w Katyniu, Miednoje i Charkowie. Są także tablice epitafijne upamiętniające działalność patriotyczno-społeczną kobiet: Siostry Urszulanki Bożeny Emilii Szerwantke, Heleny z Rojowskich Masłowiczowej i Ludwiki Zembrzuskiej. W 1992 roku zawisła tablica dedykowana rektorowi naszego kościoła, ówczesnemu Słudze Bożemu, a dziś błogosławionemu ks. Kazimierzowi Gostyńskiemu, zamordowanemu w komorze gazowej w Dachau w 1942r. Wśród tablic upamiętniających rektorów tego kościoła są epitafia: ks. Jana Władzińskiego, ks. Andrzeja Chlastawy, ks. Stefana Młynarczyka. Te i inne tablice predestynują nawę boczną naszego kościoła do nazwy Lubelskiego Sanktuarium Pamięci Narodowej. Po renowacji - zgodnie z zaleceniami służb konserwatorskich i wskazówkami Komisji Liturgicznej Kurii Metropolitalnej w Lublinie - dokonano uporządkowania tablic: część z nich pozostała w nawie bocznej, część została przeniesiona do wieży kościoła, która jest udostępniona w ciągu całego dnia do zwiedzania pielgrzymom i turystom.
Nawa boczna odzyskała swój ukryty blask dzięki nowym tynkom, wykonanym zgodnie z gotycką techniką (tynk wapienno-piaskowy, falujący, nierówny) posadzce, oświetleniu. Przy bocznym ołtarzu odsłonięto także fragment starej posadzki z kamienia. Na ścianie zachodniej nawy bocznej przywrócono ścianę z białego kamienia, zaś w pobliżu bocznego wejścia wyeksponowano fragmenty starego, oryginalnego XV-wiecznego tynku wraz z wątkiem ceglanym. Pod posadzką nawy bocznej znajduje się 5 krypt. Nad wejściem jednej z nich zostało położone przeszklenie umożliwiające "zwiedzanie" jej ekspozycji. Obraz z krypty jest też transmitowany do wieży kościoła. Renowacja ołtarza bocznego św. Józefa nie była objęta Projektem, współfinansowanym że środków unijnych.
W opisywanej nawie, w jej środkowej wnęce, znajduje się, czasami niezauważona przez zwiedzających, kaplica św. Barbary z neobarokową rzeźbą Piety (z przełomu XIX i XX wieku). Nazwa kaplicy upamiętnia istnienie w minionych wiekach kaplicy NMP, św. Zofii i św. Barbary, na miejscu której zbudowany został obecny kościół. Obecnie ta kaplica pełni funkcję kaplicy katyńskiej, gdzie umieszczono tablicę upamiętniającą ofiary kaźni, urnę z prochami pomordowanych w Katyniu, guziki wydobyte z dołów śmierci i obraz Matki Bożej Katyńskiej. W październiku 2012r. została tu umieszczona także urna z prochami pomordowanych w Bykowni, dar Wojewody Lubelskiego.
W dwóch pozostałych szerszych wnękach, nad którymi biegnie wąski korytarz, łączący klasztor z chórem (obecnie przejście jest zamurowane), stoją zabytkowe, XVII-wieczne konfesjonały. Jeden z nich został oddany do renowacji w marcu 2009 r. Dzięki XVIII-wiecznej dobudowie muru od strony południowej nawa posiada dodatkowe wejście boczne z przedsionkiem. Przy bocznym wejściu została zamontowana platforma dla osób niepełnosprawnych, a boczne wejście do świątyni będzie również funkcjonować w niedziele i święta.
