Życie w lubelskim klasztorze zaczęło się w 1426 roku. SS. Brygidki sprawowały opiekę nad nim i kościołem do 1835 roku. W okresie swoich "rządów" utworzyły stowarzyszenie charytatywne tzw. Bractwo Ubogich mające na celu niesienie pomocy materialnej i moralnej osobom ubogim oraz przeprowadziły szereg gruntownych prac, które zmierzały do rozbudowy świątyni i budynków ją otaczających. Duże zasługi w tym kierunku mają zwłaszcza ksieni Agnieszka Jastkowska (1589-1630) oraz jej następczyni Dorota Firlejówna (1632-1660). O ile pierwsza z nich skupiła się na budowaniu, modernizowaniu, przebudowie głównie budynków (za jej czasów m. in. powstały trzy spośród czterech skrzydeł klasztoru, wieża i chór kościelny, zmianie uległo prezbiterium), o tyle druga skupiła się przede wszystkim na zmianie dekoracji wnętrza kościoła i ważniejszych pomieszczeń klasztornych (wprowadzono w prezbiterium stalle, powstało pięć ołtarzy, nowa ambona oraz balustrady zdobione przedstawieniami emblematycznymi). Pieniądze na cele związane z odbudową oraz modernizacją kościoła pochodziły głównie z posagów licznie napływających w tym czasie do zgromadzenia zakonnic. Limitowano nawet ich nabór, przyjmując jedynie te, które posiadały odpowiednio wysoki posag. Ponadto, kiedy Dorota Firlejówna była ksienią, rodzina Firlejów także szczodrze wspomagała klasztor.

Po roku 1819 zabroniono SS. Brygidkom przyjmowania nowicjuszek. Kiedy liczba zakonnic zmalała do pięciu, rząd przeniósł w 1835 roku do obszernych pustych pomieszczeń lubelskiego klasztoru brygidkowskiego Zgromadzenie SS. Wizytek, które zostały usunięte z własnych budynków. SS. Wizytki w okresie swojego pobytu w Lublinie utworzyły działające przy kościele bractwo pod nazwą Najsłodszego Serca Jezusowego, prowadziły internat i szkołę żeńską, a poprzez odprawianie nabożeństwa do Serca Jezusowego przyczyniały się do wzrostu pobożności u wiernych. Spowodowało to ponowny rozkwit kościoła Wniebowzięcia N.M.P. Zwycięskiej i klasztoru, w którym gromadzili się ludzie, szukając pocieszenia, nadziei i siły ducha w trudnych czasach rozbiorów i zaborów. Po upadku powstania styczniowego w 1864 roku nastąpiła kasacja istniejących klasztorów, a ich majątki przejął skarb.

W 1870 roku zmarła ostatnia ksieni zakonu SS. Brygidek. Z kolei 5 lat później zniesiono bractwo Serca Jezusowego dopatrując się w ich modlitwach, nabożeństwach i kazaniach niebezpiecznych dla rządów zaborczych aspektów politycznych. W roku 1882 SS. Wizytki przeniesiono do Warszawy, cały ich majątek skonfiskowano, a pozbawiony wszelkich funduszów kościół pozostawiono miejscowemu kapłanowi i wiernym. Jednak dzięki ich ofiarności i przywiązaniu udało się uchronić zabytkową świątynię od zniszczenia poprzez dokonanie w latach 1903-1910 generalnego remontu na 500. rocznicę zwycięstwa pod Grunwaldem. Prowadzony etapami remont został ostatecznie zakończony w 1934 roku.